Mit dem Machtantritt Hitlers 1933 und dem Schulterschluss zwischen der nationalsozialistischen Bewegung mit dem Preußentum in der Potsdamer Garnisonkirche ändert sich einiges an der Schule. Oberstudiendirektor Dr. Wüllenweber führt das Realgymnasium weiter und versucht, im Kollegium ausgleichend zu wirken. Das Lehrerkollegium aber ist gespalten in NSDAP-Mitglieder und bürgerlich-konservative Kräfte. Zwei Lehrer, Dr. Meyer und Dr. Hartmann, werden strafversetzt, da sie weiter humanistische Werte im Unterricht vermitteln. 1934 erfolgt die Gleichschaltung, und immer mehr Schüler sind in der Hitlerjugend, der SA und SS aktiv. Im gleichen Jahr wird der Hitlergruß eingeführt, und in der Aula müssen die Schüler die übertragenen Reden Hitlers anhören. Außerdem werden die Schülermützen, Symbole der kaiserlichen Verbundenheit, verbrannt. Die neue Situation zeigt sich auch in den skurrilen Forderungen, nachträglich das Abitur aufgrund der Mitarbeit in solchen Organisationen als bestanden anzuerkennen. Und bald erfolgt die politische Maßgabe, dies auch offiziell zu tun.
Als Dr. Wüllenweber 1937 in Pension geht, übernimmt Dr. Schröder (ein linientreuer Nazi) die Schule als Rektor, und sie heißt jetzt „Wilhelm-Frick-Schule“ nach dem Reichsinnenminister und späteren Reichsprotektor von Böhmen und Mähren.
In den 30er Jahren gehören die Ruderriege und die Fußballmannschaft der Schule zu den besten in Potsdam. Ab 1933 spielt das Fach Leibeserziehung aber eine andere Rolle. Die Jungen sollten systematisch auf ihre Rolle als Soldaten vorbereitet werden. Das 1938 stattfindende Schulfest ist maßgeblich von sportlichen Wettkämpfen geprägt. Der Musiklehrer Herr Schulz komponiert das Lied „Jungvolk zu sein, oh welche Lust!“, das der Chor aus diesem Anlass vorträgt. Das Lied steht ganz im Zeichen nationalsozialistischer Propaganda.
Der Direktor trägt die braune Uniform und auf den zahlreichen Fahnenappellen werden die Jungen auf „Führer, Volk und Vaterland“ eingeschworen. Der Tag der Machtergreifung am 30. Januar wird jedes Jahr feierlich begangen. Der Lehrer Herr Schulz erhält an diesem Tag des Jahres 1939 für seine 40-jährige Tätigkeit eine Ehrenurkunde, die vom „Führer“ persönlich unterzeichnet worden ist. Diese zeigt er stolz seinen Schülern.
Am 1. September 1939 beginnt mit dem Überfall auf Polen der Zweite Weltkrieg. An diesem Tag gibt es schulfrei. Erste kriegsbedingte Maßnahmen führten zur Streichung von Fächern, da junge Lehrer bereits in die Wehrmacht eingezogen wurden. Die Schüler haben sich an Altstoffsammlungen zu beteiligen, um kriegswichtige Rohstoffe bereitzustellen. Um die Motivation für den Krieg zu stärken, beginnt der Unterricht jeden Morgen mit einem Spruch auf den Führer und den Krieg. Aber für die Schüler wird Potsdam mit seiner Nähe zur Reichshauptstadt auch zu einer Gefahr und so nehmen diese mit einigen Lehrern an der sogenannten „Kinderlandverschickung“ teil. Kinder werden in nicht so bedrohte Gebiete Deutschlands transportiert und vor allem auf dem Land untergebracht.
Als Ende 1943 die Großangriffe alliierter Bomber auf Berlin beginnen, fürchtet die Bevölkerung auch in Potsdam das Schlimmste. Im britischen Rundfunk wird Potsdam als das Sinnbild des deutschen Militarismus bezeichnet. Erste Luftschutzmaßnahmen werden nötig. Hat es am Vortag Alarm gegeben, so beginnt die Schule erst ab 9.45 Uhr und die Stunden werden auf 35 Minuten verkürzt. Die Schüler des Jahrgangs 1927 werden ab 1943 als Luftwaffenhelfer/Flakhelfer eingesetzt. Der September bringt dann den Einzug zur Wehrmacht oder den Einsatz im „Volkssturm“. Während Berlin einem dauernden Beschuss ausgesetzt ist, sieht es so aus, als würde Potsdam verschont bleiben. Als am Abend des 14. April 1945, genau 200 Jahre nach der Grundsteinlegung des Schlosses Sanssouci, die Sirenen heulten, denken die Potsdamer an den üblichen Alarm im Zusammenhang mit dem Angriff auf Berlin. Aber es kommt anders. Ein Hagel von Brand- und Sprengbomben geht auf die Stadt nieder. Ein Dröhnen geht durch die ganze Stadt. Besonders die historische Altstadt und ihre Gebäude sind betroffen. Die Schule bleibt jedoch weitgehend unzerstört.
Die Schüler erleben die Kriegszeit als Soldaten an der Front oder der sogenannten „Heimatfront“ Viele überleben den Krieg nicht.
In der Schule gibt es ab April 1945 keinen Unterricht mehr, denn der Oberbürgermeister von Potsdam, der Befehlsstab und der „Volkssturm“ nutzen die Luftschutzkeller der Schule als Unterkunft. Als die Rote Armee am 25. April bis in die Innenstadt vorgedrungen ist, befindet sich der Oberbürgermeister bereits auf der Flucht und hat die Geschicke seiner Stadt und der Bevölkerung an seinen Stellvertreter übergeben.